李斯入狱，国狱官吏们无不认定是冤案，是以各方对李斯的照拂都很周到，李斯的消息也并不闭塞。老狱令搬来了一案酒食为李斯驱寒。饮酒间，老狱令对李斯说，郎中令署的案由是“斯与子由谋反，案验问罪”，丞相府的宗族宾客已经被尽数缉拿，据说与冯去疾冯劫族人一起关押在南山材士营，只丞相一人被关在云阳国狱。
“嗟乎！悲夫！不道之君，何可为计哉！”
那日，李斯第一次在万般绝望下平静了，清醒了，无所事事地痛饮中感慨着唏嘘着，时而拍打着酒案，时而拍打着老狱令的肩头，说出了许许多多积压在心头的话语。老狱令也是老泪纵横，听得懂听不懂都只顾点头，只顾一碗又一碗地向李斯斟酒。
“老狱令啊，且想想古事。”李斯万般感喟唏嘘，“夏桀杀关龙逢，殷纣杀王子比干，吴王夫差杀伍子胥，不亦痛哉！此三臣者，岂不忠哉！然而不免于死，身死而所忠者非人，不亦悲乎！今日，我智不及三子，而二世之无道则过于桀纣夫差，我以忠死，宜矣！然则我死之后，二世之治岂不乱哉！老令不知，胡亥夷其兄弟而自立，杀忠臣而贵贱人赵高，作阿房宫，又赋敛天下，诚无道也！我非不谏，二世不听我哉！凡古圣王，饮食有节，车器有数，宫室有度。出令造事，加费而无益于民利者，禁止不做，故能长治久安也！今二世如何？行逆于昆弟不顾其咎，侵杀于忠臣不思其殃，大作宫室厚赋天下而不爱其费！三者并行，天下安能听哉！目下，反者已有天下之半矣！而二世之心，尚在懵懂也！二世以赵高为辅佐，我必要见寇盗进入咸阳，见麋鹿兽迹游于庙堂了！……”
终李斯末期全部言行，唯独在云阳国狱的这番感慨尚算清醒。清醒之根本点，在于李斯终于清楚了乱国乱天下的根基在胡亥这个皇帝，而不在赵高这个奸佞。然则，李斯对胡亥的斥责，却仅仅限于对传统昏君的杀忠臣、杀兄弟、侵民利的传统暴行的指斥。李斯在最后的时刻，依然没有痛切体察胡亥这个下作昏君败坏秦法的特异逆行。身为大法家的李斯，身为创立帝国法治的首席功臣，李斯在最后的悔悟中，依然囿于一己之忠奸甄别，而没有悔悟到自己对胡亥即位该当的罪责，更没有悔悟二世最大的破坏性在于以疯狂发作的兽行颠覆了帝国的法治文明……如此悔悟，诚可叹也。
李斯备受照拂的日子，很快便告结了。
对李斯的案验，赵高不假手任何人，事无巨细皆亲自过问。首先，赵高先行撤换了云阳国狱的全部官吏，一律由材士营将士替代。其次，赵高亲自遴选了几名对李斯有种种恩怨的能吏，又由这几名能吏遴选出十余名法堂尉卒，专一作李斯案验勘审，只听从于赵高一人号令。再次，赵高对勘审人马定下了必须达成的方略——以各式执法官署名义连续勘审，反复榜掠，不怕反供，直至李斯甘心自认谋逆大罪！诸事谋定，这班勘审人马便开始了对李斯的无休止的折磨。
开初几次勘审，李斯一直都是声嘶力竭地喊冤，坚执认定是赵高图谋陷害自己。可一班乔装吏员根本不听李斯辩冤之说，只要没听到认罪两字，便喝令行刑手榜掠，直打到李斯没有力气开口说话为止。榜通榜，捶击抽打之意。其时所谓榜掠，实则是非刑打人的一种通常说法。也就是说，榜掠不是一个法定刑种，更没有法定刑具，棍棒竹片手脚等等皆可施为，与市井群殴几无二致，只任意捶击抽打便是。赵高此等谋划极为恶毒，一则可辩之为没有用刑，二则极大地辱没李斯的尊严。于是，十数名壮汉轮流任意殴打李斯，拳脚棍棒竹条任意加身，除了不许打死之外没有任何顾忌。此等榜掠的侮辱意味，远远大于法定酷刑。冯去疾冯劫所言之将相不辱，尚且说的是狱吏酷刑之辱，而没有包括此等更为卑劣的辱没，故而宁愿一剑刎颈。而目下这种频频榜掠，对于李斯这个毕生受人景仰的国家勋臣，无异于最下作的痛苦羞辱。
然则，李斯终究有李斯的特异之处。这一特异，便是面临此等下作侮辱，反倒奇迹般地激发出李斯少年时期的市井本性——你打我么，我不怕！你想叫我不堪受辱而死么，我偏不死！非但不死，我还要辩冤！当然，终究很难说清其中缘由，总归是榜掠李斯“千余”次，而李斯竟奇迹般地活了下来，虽不胜苦痛，终究认了罪，然却以奇特的认罪方式坚执地为自己辩冤。
记不清几多次的榜掠之后，有一日的勘审官自称是谒者署巡视国狱，询问李斯可有认罪书上达皇帝？李斯身为丞相，自然清楚这谒者署是职司各种公文传递兼领巡视治情的官署，虽非九卿重臣，却可直达皇帝书房。于是，一闻问讯，李斯便点头道：“足下稍待。笔墨白帛。”那个谒者很是欣然，立即吩咐随从拿来了笔墨白帛。李斯略一思忖，提笔写去，便留下了一件中国历史上最为奇特的认罪书：
臣为丞相，治民三十余年，素有大罪矣！先王之时，秦地不过千里，兵数十万而已。臣尽薄材，谨奉法令，阴行谋臣，资之金玉，使游说诸侯；又内修兵甲，饰政教，官斗士，尊功臣，盛其爵禄；故，终以胁韩弱魏，破燕赵，夷齐楚，卒兼六国，虏其王，立秦为天子。此，臣罪一矣！地非不广，又北逐胡貉，南定百越，以见秦之强。此，臣罪二矣！尊大臣，盛其爵位，以固其亲。此，臣罪三矣！立社稷，修宗庙，以明主之贤。此，臣罪四矣！更剋画，平斗斛度量，文章布之天下，以树秦之名。此，臣罪五矣！治驰道，兴游观，以见主之得意。此，臣罪六矣！缓刑罚，薄赋敛，以遂主得众之心，万民戴主，死而不忘。此，臣罪七矣！若斯之为臣者，罪足以死，固久矣！上幸尽其能力，乃得至今，愿陛下察之！
“这，这也算得认罪书？”
此番乔装谒者的勘审官秉性迂阔，对李斯此等认罪之法大为不解，可又不敢不原件带回呈给了赵高。赵高接过白帛抖开浏览了一遍，嘴角一抽冷冷道：“此等小伎俩糊弄老夫，李斯也敢？”一伸手将白帛向书案的砚池中一摁，白帛字迹立即被墨汁淹没得一团墨黑，“狱中之囚，安得上书！”假谒者恍然大悟，连忙一拱手道：“禀报郎中令，李斯认罪伏法，并无向皇帝上书！”赵高淡淡点头：“自然如此，用得说么？”
此后月余，又是御史、侍中、谒者诸般名目的不断勘审。李斯只要提起上次的认罪书，或据实辩冤，立即便招来一顿拳脚交加或竹片棍棒横飞的侮辱性殴打。只要李斯认罪，勘审官便立即下令停止榜掠。如是日久，遍体鳞伤的李斯再也没有了翻供的心思。赵高看看火候已经到了，便特意晋见胡亥，报说李斯案验已经初定，请陛下派出特使做最后查勘。胡亥对赵高的忠心大为赞赏，立即煞有介事地派出了御史大夫府的官员做最后勘定。
这一日是六月末，云阳国狱的大堂依旧是幽暗冰凉。
厅堂中央的大案上横架着一口尚方金剑，一位高冠中年官员正襟危坐案前。当李斯被新狱吏们强行摆弄着换上了一件干净的囚衣被押进来时，中央案侧的一名文吏高声宣呼了一句：“御史中丞奉诏查案，李斯据实辩说——！”李斯头也没抬，只木呆呆地默然站立着。中央大案后的官员一拍案道：“李斯，本御史奉皇帝尚方剑查案，但据实辩说无妨。大秦律法，你自熟知，不需本御史一一解说。”
李斯蓦然抬头，眼中星光一闪却又瞬间熄灭了。李斯分明看到了御史两侧的四名甲士后的那两排熟悉的榜掠打手，正冷冰冰盯着自己。李斯突觉天旋地转，直觉棍棒拳脚风雨呼啸劈头捶击四面而来，闷哼一声便昏厥在地了……片刻醒来，李斯眨了眨干涩的老眼，还是没有说话。
“人犯李斯，可有冤情陈说？”堂上又传来御史官员的问话。
“斯认罪伏法，无冤可陈。”李斯木然地重复着说过无数次的话。
“谋逆之罪，事皆属实？”
“斯认罪伏法，无冤可陈。”李斯依旧木然地重复着。
“如此，人犯署名供词。”
在书吏捧来的一方硕大的羊皮纸的空白角落，李斯艰难地写下了自己的名字。最后一笔摇摇欲下，大笔却噗地落地，李斯颓然昏厥了过去……
李斯不知道，这位御史中丞是唯一一个真正勘审案件的执法官员，于是便错过了这唯一的一次辩冤机会。然则，这样的偶然不具有历史转折之可能点的意义。即或李斯辩冤了，即或胡亥知道了，李斯的命运依然是无法改变的。其根本原因，既在于李斯的巨大的性格缺陷与人格缺陷，更在于赵高的顽韧阴谋，更在于胡亥的下作昏聩。唯其如此，李斯的这次遗憾并不具有错失历史机遇的意义。
当这个御史中丞将勘审结果禀报给胡亥，并呈上李斯的亲署供词后，胡亥大大地惊讶了，连连拍案道：“啊呀！若是没有赵君，朕几乎被丞相所卖也！”御史中丞走了，胡亥还捧着李斯供词兀自絮叨着，“这个李斯，他还当真要谋逆，还当真要做皇帝？不可思议也。他也不想想，有赵高这般忠臣在，他能谋逆么？能做皇帝么？蠢也蠢也，李斯蠢也！”胡亥絮叨罢了，吩咐侍中将一应供词等与李斯谋逆案相关的文书全部交于赵高，要赵高量刑决断，自己又一头扎到淫靡的漩涡去了。
七月流火，咸阳南门外的渭水草滩上搭起了罕见的刑场。
自商鞅变法以来，渭水草滩是老秦国传统的老刑场。然则，寻常人犯的决刑不会在这里。渭水草滩的刑杀，都是国家大刑，用老秦人的话说：“渭水大刑，非乱国奸佞不杀。”